למרות קשרים חזקים, הביקורות בעבר של חמינאי כוללות את הטיפול של הודו בנושאים מוסלמים ואזור קשמיר.
הודו היכה את הערותיו של המנהיג העליון של איראן בנוגע ליחס למיעוט המוסלמי שלה.
משרד החוץ של הודו אמר בהצהרה ביום שני כי דבריו של עלי חמינאי בפוסט ב-X היו "אינפורמטיביות ולא מקובלות". בעוד שהודו ואיראן נהנות בדרך כלל מיחסים הדוקים, גישתה של הממשלה ההינדית הלאומית של הודו למיעוטים הובילה בעבר לחילוקי דעות.
"למדינות המתייחסות למיעוטים מומלץ להסתכל על התיעוד של עצמן לפני ביצוע תצפיות על אחרים", נכתב בהצהרה מניו דלהי.
ההודעה הקצרה עקבה אחר פוסט במדיה החברתית של חמינאי ביום שני, שאמר: "אנחנו לא יכולים לראות את עצמנו כמוסלמים אם אנחנו לא מודעים לסבל שסובל מוסלמי במיאנמר, עזה, הודו או כל מקום אחר".
אויבי האיסלאם תמיד ניסו להפוך אותנו אדישים ביחס לזהותנו המשותפת כאומה אסלאמית. איננו יכולים להחשיב את עצמנו כמוסלמים אם איננו מודעים לסבל שהמוסלמי סובל בו #מיאנמר, #עַזָה, #הוֹדוּאו כל מקום אחר.
– Khamenei.ir (@khamenei_ir) 16 בספטמבר 2024
הודו ואיראן נוטות לחלוק מערכת יחסים טובה, המומחשת על ידי קשרים כלכליים חזקים. במאי הם חתמו על חוזה ל-10 שנים לפיתוח ותפעול הנמל האיראני צ'באהר, בחוף הדרום-מזרחי של איראן.
הודו מפתחת את הנמל כשער לייצוא לאיראן, אפגניסטן ומרכז אסיה, ומאפשרת לה לעקוף את הנמלים של קראצ'י וגוואדר בפקיסטן היריבה.
אבל חמינאי היה ביקורתי בעבר בנושאים הקשורים למוסלמים בהודו ובאזור קשמיר בעל הרוב המוסלמי הבעייתי.
ארגוני זכויות אדם טענו כי ההתעללות במוסלמים גברה תחת ראש הממשלה נרנדרה מודי, שנכנס לתפקיד ראש הממשלה ב-2014.
מאז, המדינה ראתה מספר עולה של התקפות נגד מוסלמים ופרנסתם. דיווחים של דברי שטנה גם גדלו.
מקרים של לינץ' מאספסוף באמתלה של הגנה על פרות, שנחשבות קדושות על ידי כמה הינדים, גדלו בתקופתו של מודי בשלטון, ובתים ונכסים נהרסו.
בחודש מרץ הכריזה ממשלת הודו על כללים ליישום חוק תיקון האזרחות – חוק שנוי במחלוקת שפותח את הדרך לאזרחות הודית עבור פליטים לא מוסלמים ממדינות שכנות.
היא הכריזה כי הינדים, פרסים, סיקים, בודהיסטים, ג'ינים ונוצרים שנמלטו להודו בעלת הרוב ההינדי מאפגניסטן המוסלמית, בנגלדש ופקיסטן לפני ה-31 בדצמבר 2014, זכאים לאזרחות.
החוק הוכרז "אנטי מוסלמי"על ידי מספר קבוצות זכויות על שמירת הקהילה מחוץ לתחומה, ומעוררת שאלות בנוגע לאופי החילוני של הדמוקרטיה הגדולה בעולם.
בינתיים, המבקרים מאשימים גם את איראן באפליה נגד מיעוטים.
בחודש שעבר, או"ם דִוּוּחַ אמר כי מיעוטים אתניים ודתיים, בפרט מיעוטים כורדים ובלוצ'ים, הושפעו באופן לא פרופורציונלי מהדיכוי של טהראן מאז ההפגנות ההמוניות ב-2022.
