צוותים רפואיים נשיים יובילו את הטיפול בחטופים: בבתי החולים שיבא, בילינסון ואיכילוב, נערכו בשבועות האחרונים לטיפול ברגישות רבה בחטופות ובחטופים שישוחררו לאחר שהות ממושכת בתנאים קשים. בעקבות הניסיון שהצטבר מטיפול בחטופים קודמים, נבחרה מדיניות ברורה: מרבית הצוותים הרפואיים שיטפלו בחטופות ובחטופים יהיו נשים.
הבחירה הזו נבעה מהעדפות שהביעו החטופים בעבר, שציינו כי סביבה נשית הקלה עליהם משמעותית את ההתמודדות הרגשית. לאחר שהות של שנה וחצי בסביבת מחבלים מרצחים גברים ושומרים מאיימים גברים, החטופות והחטופים, מבוגרים וילדים כאחד, דיווחו כי נוכחות של צוות נשי השרתה תחושת ביטחון ואפשרה להם לשתף פעולה בקלות רבה יותר.
המדיניות שנקבעה בבתי החולים כוללת שימוש בצוותים רפואיים נשיים בלבד בכל הטיפולים האפשריים. רק במקרים שאין ברירה, יטופלו החטופים על ידי רופאים גברים, וגם זאת בנוכחות אחות. ההבנה של השפעות הטראומה על נפשם של החטופים עיצבה את כל מערך הטיפול, החל מהתשתיות הפיזיות ועד להרכב הצוותים.
עם הגעת החטופות למרכז הרפואי שיבא, יעברו שלוש החטופות הראשונות שישובו הביתה בדיקות רפואיות מקיפות. הבדיקות כוללות מדידת סימנים חיוניים, בדיקות דם רחבות, בדיקות הדמיה כמו רנטגן, CT , MRI ובדיקת גינקולוגים לנשים.
לאחר סיום הבדיקות הפיזיות, מתחיל שלב הטיפול הנפשי. המטפלות מבינות את הקושי של החטופות להתמודד עם גירויים חיצוניים כמו אור, רעש או נוכחות גברית, ולכן נוקטות בגישה הדרגתית וזהירה. כל שלב מתבצע תוך הקפדה על תקשורת פתוחה ושמירה על גבולות, מתוך מטרה להעניק תחושת שליטה וביטחון לחטופות.
הטיפול הנפשי כולל שיחות פרטניות עם פסיכולוגיות ופסיכיאטריות, ולעתים שימוש בטכניקות מתקדמות כמו טיפול קוגניטיבי-התנהגותי (CBT) או EMDR לעיבוד טראומות. גם טיפולים משלימים כמו טיפול באמנות ותנועה משולבים בתהליך השיקום, במטרה לספק ערוץ נוסף להבעת רגשות.
בנוסף לטיפול הרפואי והנפשי, החטופים נדרשים להתמודד עם האתגרים שבחזרה לשגרה. חלקם יזדקקו לליווי צמוד במפגש עם משפחותיהם וקהילותיהם. הטיפול ארוך הטווח כולל בניית כלים לחיזוק תחושת הביטחון העצמי והחזרה לחיים נורמליים ככל האפשר.