מורשתו של פוג'ימורי נותרה במחלוקת קשה בפרו, שם הוא הורשע בשחיתות והפרות זכויות חמורות.
ממשלת פרו הכריזה על תקופת אבל לאומי בת שלושה ימים בעקבות מותו של הנשיא לשעבר השנוי במחלוקת אלברטו פוג'ימורי.
נָשִׂיא בבולוארטה חתם ביום חמישי על צו לתקופת אבל, יום אחד לאחר שפוג'ימורי, שהורשע בשחיתות והפרות זכויות אדם במהלך כהונתו בתפקיד, מת בבית בתו, קייקו פוג'ימוריבבירה לימה.
"הבוקר, הדגל הלאומי הונף בחצי התורן בארמון המחוקקים בשל מותו של נשיא הרפובליקה לשעבר, אלברטו פוג'ימורי", אמר ביום חמישי דיאריו אופיסיקלי אל פרואנו, העיתון היומי הרשמי של המדינה.
של פוג'ימורי הגופה יונח במשרד התרבות בלימה עד יום שבת, אז יועבר לבית קברות מדרום לבירה. האאוטלט פרו 21 פרסם תמונות ברשתות החברתיות המראות תומכים עומדים בתור מחוץ למשרד התרבות כדי לחלוק כבוד.
מורדי נתיב זוהר
במוות כמו בחיים, פוג'ימורי קוטב את פרו, מדינת האנדים שבה תומכיו מייחסים לו חיזוק הכלכלה באמצעות סדרה של רפורמות ניאו-ליברליות קשות וריסק את קבוצת הגרילה המאואיסטית Sendero Luminoso, או שביל זוהרשהטיל אימה על המדינה במשך שנים.
הוא עשה זאת באמצעות קמפיין נגד התקוממות אכזרי שכלל הפרות זכויות נרחבות ותרם לה הסמכותנות הגוברת של פוג'ימוריכולל "הפיכה עצמית" ב-1992 שסגרה את הקונגרס ואת מערכת המשפט. הרפורמות הכלכליות שלו זוכות גם לביקורת בשל השפעתן הקשה על עניי המדינה.
לפי הערכות, מלחמת האזרחים בפרו בין הממשלה לקבוצות מורדים שונות הותירה לפחות 70,000 הרוגים.
ממשלתו של פוג'ימורי גם פיקחה על התעללות כמו קמפיין של עיקורים בכפייה שהתמקדה בנשים באזורים העניים וברובם הילידים של המדינה.

שערוריית מונטסינוס
פוג'ימורי ברח לגלות ביפן לאחר הדחתו בשנת 2000 בעקבות שערוריית שוחד ושחיתות שכללה את הידוע לשמצה שלו. ראש המודיעין, ולדימירו מונטסינוס.
פוג'ימורי נעצר בסופו של דבר בצ'ילה במהלך ביקור במדינה ב-2005 והוסגר לפרו בספטמבר 2007 באשמת מעורבות בהזמנת הרג וחטיפות בתקופתו כמנהיג.
הוא נשפט והורשע ב-2009 על פשעים הקשורים לרצח של 25 בני אדם על ידי חוליות מוות שתקפו חמושים שמאלנים, כמו גם פעילים ואזרחים.
פוג'ימורי היה משוחרר מהכלא בדצמבר 2023 על ידי בית משפט פרואני, בניגוד לצו מבית המשפט הבין-אמריקאי לזכויות אדם.
ברשתות החברתיות, האשטאגים החל מ- #FujimoriNuncaMas (Fujimori לעולם לא עוד) ועד #FujimoriPorSiempre (Fujimori לנצח) מדגישים את הפילוגים שנותרו בחברה הפרואנית יותר משני עשורים לאחר שברח מהמדינה והתפטר באמצעות פקס מיפן.
המתנגדים ציינו, בלשון בלחי, שפוג'ימורי מת באותו יום בשנה כמנהיג הנתיב הזוהר. אבימעאל גוזמןשנספה בכלא בשנת 2021. לכידתו על ידי שירותי הביטחון הממלכתיים ב-1992 הייתה ניצחון גדול במאמצי הממשלה לפרק את הקבוצה שמפחדת ממנה.
בתו של פוג'ימורי, קייקומחוקקת לשעבר ומתמודדת לנשיאות בעצמה, אמרה ביולי שאביה יתמודד לנשיאות ב-2026, למרות שהיה בסוף שנות ה-80 לחייו.