חמשת בתי החולים שנערכו לקבלת החטופים: מערכת הבריאות נערכה בשבועות האחרונים בתרגולים ודיונים לקבלה המיוחלת של החטופים מעזה. משרד הבריאות בשיתוף חיל הרפואה קבעו כי המרכז הרפואי שיבא בתל השומר, הגדול והמתקדם בישראל יהיה זה שיקבל את עיקר השבויים.
במקרה של מספר גדול של חטופים שישובו יחד, יפוצלו השבים בין בתי החולים איכילוב, בילינסון וסורוקה. גם בית החולים אסף הרופא, הנחשב קטן יותר, נערך במקרה שיהיה צורך במקומות אשפוז נוספים. ילדים יטופלו במרכז הרפואי שניידר ושיבא. על פי ההנחיות בני אותה משפחה יטופלו באותו מרכז רפואי כשהם זה לצד זה.
בתי החולים הקצו לשבים בדומה לפעימות הקודמות, אגפים נפרדים ופרטיים לקבלתם של החטופים. בתי החולים כבר מתורגלים בקבלת חטופים, והיא תיעשה כמו בפעמים הקודמות תוך רגישות מקסימלית, התחשבות ברצונם של השבים ומתן פרטיות לאיחודם עם בני משפחותיהם ויקיריהם.
על פי נוהל משרד הבריאות הטיפול בחטופים מתבצע במתחמים נפרדים. כל חטוף מקבל חדר משלו כשהוא מלווה על ידי אחות, רופא, ועובדת סוציאלית. תחילה עוברים כל חטופה וחטוף בדיקה גופנית כללית הכוללת בחינה של המצב הכללי, פציעות פגיעות ושטפי דם, ובדיקה פיסית מכף רגל ועד ראש.
החטופים עוברים גם בדיקות דם כלליות הכוללות לרוב ספירת דם שנועדה לאתר מצב זיהומי, ירידה בהמוגלובין אם בשל מחסור בברזל או דימומים, מצב טסיות הדם, בדיקת כימיה הכוללת נתונים על חסרים תזונתיים או חסר במלחים בגוף, תפקודי הכבד והכליות, ובדיקות דם נוספות המאתרות מחסור בוויטמין די הוא "ויטמין השמש" – החשוב לפעילויות רבות בגוף ורמתו יורדת לאחר חודשים רבים כל כך באפלה, לצד רמות וויטמינים ומינרלים נוספים.
לאור הפציעות הרבות מהן סבלו החטופים גם ברגעי החטיפה, וגם במהלך המעברים במנהרות החמאס, האלימות שספגו והתנאים הקשים מנשוא עוברים כל החטופים גם בדיקות אורתופדיות מקיפות שכוללות גם צילומי רנטגן ובדיקות CT.
חטופים הסובלים ממחלות כרוניות עוברים בנוסף בדיקות כלליות על ידי רופא מומחה. על פי הידוע חלק מהחטופים הגיעו לשבי כאשר הם לוקים במחלות כרוניות והרופא המומחה צפוי לדרוש בדיקות מעקב דחופות שיוודאו האם חלה הידרדרות בחומרת מחלתם. כמו כן יותאמו להם מחדש התרופות שלא קיבלו במהלך השבי.
בדיקות החטופים כוללות גם בדיקה דיסקרטית לאפשרות של פגיעה מינית. זו כוללת בדיקת גינקולוג, ואיסוף דגימות שעלולות להחשיד לתקיפה כזו. החטופות יעברו ככל הנראה גם בדיקת היריון.
במהלך כל התהליך מתלווה לכל חטופה וחטוף גם עובדת סוציאלית של בית חולים כדי להתרשם מעוצמת המצוקה הנפשית. על פי הצורך נקראים לבדיקה גם פסיכיאטר או פסיכולוג. הליווי הנפשי והסוציאלי של החטופים נמשך לכל משך האישפוז וגם לאחר שחרורם. בני המשפחה של החטופים מתבקשים גם להביא לשהות בבית החולים חפצים אישיים – בגדים, ספר, נעליים, מזון אהוב, וכל דבר שיסייע להם לשוב אל החיים האמיתיים. נייחל לשובם המהיר של כל החטופים, וחזרתם לבריאות מלאה בהקדם.
