מערכת הבריאות נערכה לשובם המיוחל של החטופים: משרד הבריאות פרסם את פרוטוקול המענה הרפואי לחוזרים מהשבי, שמפרט את השלבים השונים של קבלתם, הטיפול המלא שיקבלו והליווי הצמוד בימים בחודשים ובשנים הבאות.
בתי החולים הם שישה: איכילוב, בילינסון, שיבא, אסף הרופא במרכז, ברזילי וסורוקה יהוו יעדי קיצור למי שמצבו הרפואי ידרוש מענה רפואי מיידי. בתי החולים הללו יקבלו את המטופלים המורכבים הקשים, מתוך הצורך לטפל בהם מיידית וקרבתם לעזה. משרד הבריאות ממליץ לכל חטוף על אשפוז של ארבעה ימים לפחות, והוא נתון לשיקול דעתו של כל חטוף ומשפחתו.
הטיפול בשבים ינוהל במתחם נפרד, ייעודי לחטופים שמאפשר טיפול בכל אחד מהשבים בחדר יחיד, יחד עם בני המשפחה והמלווים. בתי החולים הנחו את בתי החולים להפריד בין אזור כללי שמאפשר אירוח רב משתתפים ואזורים אישיים שכוללים חדרי לינה, מפגשים מצומצמים ומנוחה. כל חדר כולל בדרך כלל גם שירותים ומקלחון פרטיים.
אגף השבים יכלול גם מתחמי שהייה לגרומים נוספים שכוללים את נציגי הצבא שיאפשרו התכנסות מבודדת כדי להפחית מהעומס שנגרם מריכוז אנשים רבים מהמסדרונות. ההחלטה על כך נבעה מלקחים מקבלת חטופים קודמים, שהובילה להתאספות של המוני אנשים במסדרונות, מה שהפריע לטיפול ולשלומם והשקט הנדרש לחטופים. בתי החולים התבקשו גם לצמצם ככל הניתן את מספר השוהים במתחם, שיהיה חסום להגעת מבקרים פרט לזמן המפגש עם המשפחה.
בתי החולים יקבלו את המידע הרפואי האישי על החטוף עם היוודע חזרתו. לאור משך הזמן הארוך מעת לקיחתם בשבי, בתי החולים התבקשו להעמיק במידע זה מוקדם ככל האפשר כדי להכיר את המשמעויות הנובעות ממניעת טיפול לאורך זמן או הופעת סיבוכים. כזכור חלק מהחטופים סבלו עוד לפני "השבת השחורה" ממחלות כרוניות, ועד היום לא ידוע אם טופלו והאם סבלו מסיבוכי המחלה. בתי החולים הונחו להקפיד הקפדה יתרה על שמירת הסודיות הרפואית של המטופלים.
בתי החולים התבקשו עוד לייצר מעטפת קבועה של אנשי מקצוע שיבואו במגע עם השב ואלה כוללים רופאים מטפלים קבועים, אחיות קבועות, רופאים יועצים, עובדת סוציאלית מלווה, פסיכולוג, פסיכיאטר, תזונאי ורופא משפטי. הצוות הרפואי יקיים דיונים רב מקצועיים ככל שנדרש כדי לייצר תמונה רפואית מקצועית מלאה ובניית תוכנית טיפול מותאמת אישית.
עובדת סוציאלית מטעם בית החולים תתלווה למהלך הטיפול בשבים מיד עם קבלתם ותנהל שיחות עם השב, המלווים ותמליץ במידת הצורך על התערבות נפשית מוקדמת או נוספת של פסיכיאטר או פסיכולוג בהתאם למקרה. במשך האשפוז ייקבע יחד עם העובדת הסוציאלית גורם עיקרי אשר יהווה גורם קשר עתידי לשב.
תזונאית תלווה כל חטוף, ותהיה אחראית על המשקל, הגובה, תיקון ערכים חריגים בבדיקות הדם, והטיפול התזונאי המורכב הנדרש. אחת הסכנות שאורבת למטופלים, ונראתה גם בקרב ניצולי השואה, הוא "תסמונת ההאכלה מחדש", מצב רפואי מסכן חיים שמתרחש כאשר אדם שסבל מהרעבה ממושכת מתחיל לאכול כמויות גדולות ובקצב קצר מדי. התהליך גורם לשיבוש מסכן חיים ברמות המלחים בדם כמו זרחן, מגנזיום ואשלגן, וכתוצאה מכך נגרמות הפרעות חמורות בתפקוד הלב, המוח השרירים ומערכות נוספות. לשם כך תמונה לכל חטוף דיאטנית שתהיה כאמור אמונה על ההשגחה, פענוח בדיקות הדם ובניית תפריט תזונתי מותאם ומדואג.
הטיפול מתחיל בדרך כלל בתיקון הפרעות מלחים בדם כמו נתרן ואשלגן. במקביל יתבסס הטיפול בהזנה הדרגתית ומבוקרת, באמצעות מנות קטנות מאוד של מזון נוזלי, עשיר בנוזלים ובחלבונים, אך דל פחמימות, כדי למנוע עומס על המערכת המטבולית. כמו כן, מתן זרחן, אשלגן ומגנזיום נעשה דרך הווריד או הפה, תוך ניטור קפדני של רמות המלחים בדם. ישנה הקפדה על איזון נוזלים זהיר, כדי להימנע מבצקות או כשל לבבי, וניטור אינטנסיבי אחרי סימנים חיוניים כמו דופק, לחץ דם, רמות סוכר בדם ותפקוד מערכות הלב, הכליות והריאות. לצד הטיפול הפיזי, ניתן גם דגש להדרכה פסיכולוגית ותמיכה נפשית, כיוון שהחזרה לשגרה מלווה לעיתים קרובות בטראומות נפשיות הדורשות התייחסות.
כל חטוף ילווה גם על ידי רופא משפטי שיהיה אחראי לתיעוד ואיסוף ראיון רפואיות משפטיות. הרופא המומחה ייפגש עם השב, יבדוק אותו במידת הצורך ויבטיח תיעוד משפטי הולם שנוגע לשהותו בשבי.
לכל חטוף תוצמד אחות קשר מטעם קופת החולים אליה משויך השב שתרכז את פרטיו ותדאג להמשך הליווי הרפואי המלא שלו מרגע השחרור מבית החולים ובחודשים ובשנים הבאות.
עם קבלת החטופים, הם ייבדקו על ידי אחות ורופא מומחה ברפואה דחופה, ויעברו בדיקות נרחבות, צילומי רנטגן, CT או MRI, תוך מתן טיפול מיידי שנדרש. כל שב יקבל הסבר מלא אודות הבדיקות הנלקחות ומשמעותן. בין הבדיקות יהיה גם פאנל בדיקות של מחלות זיהומיות. לאור מקרים קודמים של חטופים שסבלו מקרישי דם מסוכנים הנובעים מישיבה או שכיבה ממושכת בשבי ללא תנועה, החטופים יעברו גם בדיקה כזו המתבצעת על ידי מכשיר אולטרסאונד ובדיקות דם תואמות. לפני מתן טיפול תרופתי יעברו החטופים גם בדיקות שתן לאיתור רעלים וסמים שאולי נחטפו אליהם. כל הנערות והנשים בגיל הפוריות יעברו גם בדיקת היריון.
לאחר סיום הבירור והטיפול, תתקבל החלטה לגבי הצורך בהמשך אשפוז או שחרור והשלמת המענה הרפואי בקהילה. כאמור לכל חטוף ומשפחתו יומלץ על אשפוז בן ארבעה ימים לפחות, שיעניק שקט וזמן איחוד עם המשפחה, רחוק מהמולת הקהל שמבקש לחבק את החטוף, ותוך שמירה על בריאותו הרפואית והנפשית. קופות החולים נדרשו לדאוג להקמת מערך מרפאת שבים רב מקצועית שתאפשר מעקב טיפול רפואי מלא לכל חטוף, יחד עם רצף טיפולי וניטור מצבו הרפואי והנפשי.
